由于生物制藥潔凈室的特性不同，高效過濾器的選擇首先要按照潔凈室的級別、無菌程度、溫濕度、耐火程度、防腐等不同要求來確定。如100級以下選擇A類或B類，100級以上則需要選擇C類過濾器；高溫高濕條件下宜選用金屬分隔板和金屬框架的過濾器；有防腐要求的宜選用塑料分隔板和塑料框架的過濾器；有防火要求的，過濾器所有材料應為不燃性等等。本文不考慮這些問題，僅僅考慮影響常規高效過濾器（以過濾≥0.5μm為主）的選擇中風量和阻力問題。
潔凈室位置的選擇，應根據需要、經濟等比較后確定：
一、應在大氣含塵濃度較低，自然環境較好的區域；
二、應遠離鐵路、碼頭、飛機場、交通要道以及散發大量粉塵和有害氣體的工廠、貯倉等有嚴重空氣污染、振動或噪聲干擾的區域。
三、應布置在廠區內環境清潔、人流貨流不穿越或少穿越的地段。四、還有潔凈室最大頻率風向上風側有煙囪時，潔凈室與煙囪之間的水平距離不宜小于煙囪高度的12倍，潔潔廠房與交通干道之間的距離不宜小于50米。潔凈室周圍應進行綠化，可鋪植草坪、種植對大氣含塵農度不產生有害影響的樹木，并形成綠化小區。但不得妨礙消防操作。
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